| 遺跡名称 | 地方 | 都道府県 | 種類 | 時代 |
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| 琉球荒焼壷 | 九州・沖縄 | 福岡県 | 遺物散布地 |
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| 玄界島海底遺跡 | 九州・沖縄 | 福岡県 | 遺物 |
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| 唐人瀬 | 九州・沖縄 | 長崎県 | 伝承 |
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| 鷹島海底遺跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 芦屋沖海底遺跡 | 九州・沖縄 | 福岡県 | 沈没船もしくは積荷 |
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| 口之津町白浜のキリシタン墓碑 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 伊ノ浦第1台場跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 伊ノ浦第3台場跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 伊ノ浦第2台場跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 南蛮船来航の地 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 寄船番所跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 木製あぶみ回収地 | 九州・沖縄 | 熊本県 | 遺物 |
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| 大村藩お船蔵跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 大手浜遺跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 俵ヶ浦御船江跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 池尻海底遺跡 | 九州・沖縄 | 佐賀県 | 遺物（肥前磁器） |
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| 茂木港外遺跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 高鉾島台場跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 四郎が島台場跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 中ノ田台場跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 東上遺跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 神浦小番所跡 | 九州・沖縄 | 長崎県 |
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| 坊津町久志浦 | 九州・沖縄 | 鹿児島県 | 沈没船 |
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| 坊津町坊浦・唐船錨地区 | 九州・沖縄 | 鹿児島県 | 遺物散布地 |
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| 坊津町坊浦・鵜ノ島地区 | 九州・沖縄 | 鹿児島県 | 遺物散布地 |
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